Muggendorf bildet zusammen mit Streitberg den Kern der Marktgemeinde Wiesenttal in der Fränkischen Schweiz, Landkreis Forchheim.Das Dorf liegt an der Wiesent auf 304 m ü. NN. Nach diesem Ort hieß früher die Fränkische Schweiz auch Muggendorfer Gebürg. In der Nähe gibt es zahlreiche Tropfsteinhöhlen, die auch als Muggendorfer Höhlen bezeichnet werden. Zu diesen gehören u. a. die Rosenmüllerhöhle, die Oswaldhöhle, die Witzenhöhle, die Wundershöhle und die Doktorshöhle.
Muggendorf wurde um 1248/49 erstmals urkundlich erwähnt, als es zur Burg Neideck kam. Bis 1347, als Konrad II. von Schlüsselberg starb, hielt das Geschlecht der Schlüsselberger das Patronatsrecht. 1507 oder 1508 verkaufte Georg von Streitberg Muggendorf an den Markgrafen Friedrich II. von Brandenburg-Ansbach. Als Teil des späteren Fürstentums Bayreuth wurde Muggendorf zur Reformationszeit evangelisch.
Ab 1922 war Muggendorf eine Station der Wiesenttalbahn. Damit konnte man mit der Eisenbahn über Ebermannstadt nach Forchheim fahren. Der planmäßige Betrieb wurde 1930 eröffnet, 1976 wurde die Strecke stillgelegt.
Im Zuge der Gebietsreform in Bayern wurde Muggendorf am 1. Januar 1972 zusammen mit anderen Dörfern zum Markt Wiesenttal vereinigt.